ডেমো ও টিউটোরিয়াল · 65টি গাইড
LabTools শিখুন, একবারে একটি ফিগার।
প্রতিটি টিউটোরিয়ালে আপনি যে আউটপুট তৈরি করবেন, তার পাশেই থাকে একটি গাইডেড ভিডিও ওয়াকথ্রু। বিষয় ও কঠিনতা অনুযায়ী ব্রাউজ করুন, অথবা ঠিক যা দরকার তা সার্চ করুন।
দুই মিনিট: ইমপোর্ট → প্লট → স্টাইল → এক্সপোর্টআসল স্ক্রিন রেকর্ডিং
LabTools-এ ঘুরে দেখা
অ্যানালিসিসের ভিডিওগুলির আগে একটি ছোট ট্যুর: ড্যাশবোর্ড ও তার Getting Started চেকলিস্ট, কাজের ধাপ অনুযায়ী সাজানো মেনু, যেকোনো জায়গায় যেতে Ctrl+K, যেকোনো পেজ থেকে কিছু তৈরি করতে + বোতাম, আর প্রতিটি পেজ ধাপে ধাপে দেখানো গাইড (? বা F1)। ধারাবিবরণী ও ক্যাপশনসহ।
আপনার প্রথম হিস্টোগ্রাম বানান
ড্যাশবোর্ড থেকে সম্পূর্ণ ফিগার পর্যন্ত: 600টি পার্টিকেলের উচ্চতার একটি CSV টেনে Charts & Plots-এ আনুন, Histogram বেছে নিন এবং কলামটি নির্বাচন করুন। raw ডেটা ও Statistics window দেখুন, একটি Gaussian fit করুন ও fit-এর মান যাচাই করুন, প্লটে n, fitted mean ও σ, FWHM এবং fit R² বসান, তারপর LabTools-এ সেভ করুন। ধারাবিবরণী ও ক্যাপশনসহ।
নমুনা ডেটা ডাউনলোড করুন (particle-heights.csv)
Bimodal distribution-এর হিস্টোগ্রাম
দুটি population-এর মিশ্রণে তৈরি একটি নমুনা: দুটি Gaussian component fit করুন, প্রতিটির mean, standard deviation ও weight পড়ুন, এবং fit-এর মান যাচাই করুন। y-অক্ষের পরিসর ভেবেচিন্তে ঠিক করুন, তারপর প্লটে component-এর প্যারামিটার, FWHM, fit R² ও একটি Shapiro-Wilk normality test যোগ করুন। ধারাবিবরণী ও ক্যাপশনসহ।
নমুনা ডেটা ডাউনলোড করুন (bimodal-sizes.csv)
Multimodal distribution-এর হিস্টোগ্রাম
component-এর সংখ্যা ডেটাকেই বেছে নিতে দিন: Suggest best এক থেকে দশটি Gaussian component-এর fit-গুলিকে BIC (Bayesian information criterion) দিয়ে তুলনা করে এবং সেরাটিকে তারা চিহ্ন দেয়। তিনটি component fit করুন, তারপর প্লটে প্রতিটির mean, standard deviation, width ও weight, fit R² এবং একটি Shapiro-Wilk test বসান। ধারাবিবরণী ও ক্যাপশনসহ।
নমুনা ডেটা ডাউনলোড করুন (multimodal-sizes.csv)
হিস্টোগ্রাম ওভারলে: দুটি গ্রুপের তুলনা
একই bin-সহ একটি হিস্টোগ্রামে control ও treated: bin width ভেবেচিন্তে বেছে নিন, opacity এমনভাবে দিন যাতে কোনো গ্রুপ অন্যটিকে ঢেকে না দেয়, প্রতিটি গ্রুপে একটি Gaussian fit করুন, আর Welch's t-test ও Cohen's d দিয়ে ফিগারেই পার্থক্যটি টেস্ট করুন। ধারাবিবরণী ও ক্যাপশনসহ।
নমুনা ডেটা ডাউনলোড করুন (particle-heights.csv)
একই অক্ষে একাধিক হিস্টোগ্রাম
তিনটি সময়বিন্দুর একটি time course আলাদা প্যানেলে, যেগুলির x-পরিসর একই এবং ডেটা থেকে বেছে নেওয়া একটিই bin size, যাতে প্রতিটি প্যানেল সমানে সমানে তুলনা করে। এক ক্লিকে প্রতিটি প্যানেল fit করুন, প্রতিটি প্যানেলকে নিজস্ব স্ট্যাটিস্টিক্স বক্স দিন, এবং one-way ANOVA ও eta squared দিয়ে সময়ের সঙ্গে পরিবর্তন টেস্ট করুন। ধারাবিবরণী ও ক্যাপশনসহ।
নমুনা ডেটা ডাউনলোড করুন (time-course.csv)
বক্স প্লটে গ্রুপের তুলনা
চারটি ট্রিটমেন্ট গ্রুপ বক্স প্লট হিসেবে: বক্স, whisker ও outlier কী দেখায়, বক্সের উপর প্রতিটি ডেটা পয়েন্ট আঁকা, এবং one-way ANOVA, Kruskal-Wallis ও eta squared দিয়ে ফিগারেই গ্রুপের তুলনা। ধারাবিবরণী ও ক্যাপশনসহ।
নমুনা ডেটা ডাউনলোড করুন (treatment-groups.csv)
Regression সহ স্ক্যাটার প্লট
একটি dose-response ক্যালিব্রেশন: x ও y কলাম বেছে নিন, সমীকরণ, R² ও confidence band সহ একটি linear regression যোগ করুন, এবং প্লটে Pearson ও Spearman correlation রিপোর্ট করুন। ধারাবিবরণী ও ক্যাপশনসহ।
নমুনা ডেটা ডাউনলোড করুন (dose-signal.csv)
ডেটা distribution-এর জন্য Raincloud প্লট
একই চারটি গ্রুপ raincloud প্লট হিসেবে: density cloud প্রতিটি distribution-এর আকার দেখায়, আর rain দেখায় প্রতিটি পরিমাপ। Shapiro-Wilk প্রতিটি গ্রুপের normality যাচাই করে, আর প্লটে ANOVA ও Kruskal-Wallis দুটোই রিপোর্ট হয়। ধারাবিবরণী ও ক্যাপশনসহ।
নমুনা ডেটা ডাউনলোড করুন (treatment-groups.csv)
Error bar সহ বার চার্ট
error bar সহ বার হিসেবে গ্রুপের mean: standard error of the mean বনাম standard deviation, বারের উপর প্রতিটি ডেটা পয়েন্ট দেখানো, এবং ফিগারে eta squared সহ one-way ANOVA। ধারাবিবরণী ও ক্যাপশনসহ।
নমুনা ডেটা ডাউনলোড করুন (treatment-groups.csv)একটি স্টাডি তৈরি করুন
একটি গবেষণার ক্ষেত্র বা পেপারের জন্য একটি স্টাডি শুরু করুন: শিরোনাম, নোট ও ট্যাগ দিন, এর মালিক আপনি না আপনার ল্যাব টিম তা বেছে নিন, সার্চ দিয়ে আবার খুঁজে নিন, এবং দেখুন কোন ট্যাবগুলিতে এর এক্সপেরিমেন্ট, নোটবুক, ফলাফল, ডেটা ও প্রোটোকল থাকে।
স্টাডির এক্সপেরিমেন্ট ও তাদের স্ট্যাটাস
একটি স্টাডিতে এক্সপেরিমেন্ট যোগ করুন এবং তার স্ট্যাটাস সঠিক রাখুন: চলছে, অন্য কারও অপেক্ষায় (কবে উত্তর আশা করছেন সেই তারিখসহ), আটকে আছে, বা স্থগিত, আর স্টাডির পেজে এক নজরে সবগুলি দেখুন।
পরের ধাপ, সাব-এক্সপেরিমেন্ট ও ডাইজেস্ট
একটি এক্সপেরিমেন্টের ভেতরে পরিকল্পনা: due date সহ পরের ধাপ, কাজের প্রতিটি অংশের জন্য সাব-এক্সপেরিমেন্ট, টাইমলাইন, এবং এর snapshot থেকে তৈরি একটি স্লাইড ডাইজেস্ট, যা প্রতি সপ্তাহেও আসতে পারে।
সংস্করণসহ প্রোটোকল
একটি প্রোটোকল লিখুন, তা একটি স্টাডির সঙ্গে লিঙ্ক করুন, পদ্ধতি বদলালে নতুন সংস্করণ সেভ করুন, এবং স্টাডিটিকে বর্তমান সংস্করণে আপডেট করুন, পুরোনোটি রেকর্ডে থেকে যায়।
ল্যাব নোটবুক
একটি স্টাডির সঙ্গে লিঙ্ক করা দৈনিক লগ ও এক্সপেরিমেন্টের এন্ট্রি রাখুন: এন্ট্রিগুলির মধ্যে [[links]], Charts & Plots থেকে যোগ করা একটি প্লট, বারবার করা কাজের জন্য টেমপ্লেট, এবং ব্যাকলিঙ্ক যা দেখায় একটি এন্ট্রি কোথায় ব্যবহার হয়েছে।
ক্যালেন্ডার ও টাস্ক
ল্যাবের সময়সূচি দেখুন, due date সহ একটি টাস্ক ও একটি ইভেন্ট যোগ করুন, আর কাজ এগোনোর সঙ্গে সঙ্গে টাস্কগুলি সম্পন্ন বলে চিহ্নিত করুন।
সাপ্তাহিক রিভিউ
সপ্তাহের দিকে ফিরে তাকান: কী হয়েছে, কী পিছিয়ে গেছে আর আপনি কার অপেক্ষায় আছেন, দরকারি উত্তরগুলির জন্য তাগাদা দিন, এবং পরের সপ্তাহের পরিকল্পনা করুন।
মিটিং: পোল, আমন্ত্রণ ও জয়েন লিঙ্ক
পোল দিয়ে সুবিধাজনক সময় খুঁজুন, সরাসরি মিটিং শিডিউল করুন, ইমেলে মানুষদের আমন্ত্রণ জানান, এবং মিটিং লিঙ্ক বা রিমাইন্ডার থেকে যোগ দিন।
সাহিত্য অনুসন্ধান (literature search)
PubMed ও CrossRef-এ সার্চ করুন, একটি abstract পড়ুন, একটি পেপার আপনার লাইব্রেরিতে সেভ করুন, একটি স্টাডির অধীনে রাখুন, এবং ফরম্যাট করা citation কপি করুন।
পেপার থেকে ফরেস্ট প্লট
একটি ছোট মেটা-অ্যানালিসিস: পেপারগুলি সংগ্রহ করুন, প্রতিটি effect size ও তার confidence interval বের করুন, এবং pooled estimate সহ একটি ফরেস্ট প্লটে দেখান।
Reference Manager
DOI দিয়ে একটি রেফারেন্স যোগ করুন, একটি BibTeX ফাইল ইমপোর্ট করুন, ট্যাগ দিয়ে রেফারেন্স গুছিয়ে রাখুন, এবং আপনার লেখায় সেগুলি cite করুন।
PDF Reader-এ পেপার পড়া
একটি পেপার খুলুন, তার মধ্যে সার্চ করুন, হাইলাইট করুন ও নোট যোগ করুন, তার রেফারেন্স ও ফিগারে চলে যান, এবং আপনার অ্যানোটেশনগুলি পেপারের সঙ্গেই রাখুন।
ফাইল: ডেটা রাখুন, গোছান ও প্রিভিউ করুন
raw ডেটা LabTools Files-এ স্টাডি অনুযায়ী গুছিয়ে রাখুন, ডাউনলোড না করেই একটি ফাইল প্রিভিউ করুন, এবং এক ক্লিকে Charts & Plots-এ খুলুন।
ফাইল: সংস্করণ, Trash ও ফাইলের ভেতরে সার্চ
একটি ফাইলের আগের সংস্করণে ফিরে যান, মুছে ফেলা কিছু Trash থেকে ফিরিয়ে আনুন, এবং ফাইলের ভেতরে কী আছে তা দিয়ে ফাইল খুঁজুন, যেমন একটি কলামের নাম বা ইনস্ট্রুমেন্টের একটি সেটিং।
স্প্রেডশিট: এন্ট্রি থেকে চার্ট পর্যন্ত একটি standard curve
replicate পরিমাপগুলি লিখুন, ফর্মুলা দিয়ে mean ও standard deviation হিসাব করুন, শিটটি LabTools-এ সেভ করুন, এবং কলামগুলি Charts & Plots-এ পাঠিয়ে প্লটে স্ট্যাটিস্টিক্সসহ একটি regression করুন।
কোড: একই অ্যানালিসিস, লিখে রাখা ও আবার চালানো যায়
খোলা একটি ডেটাসেটের উপর Code নোটবুক থেকে একটি স্ট্যাটিস্টিক্যাল টেস্ট ও একগুচ্ছ প্লট চালান, ফলাফলগুলি একটি ফিগারে জড়ো করুন, এবং পরের ডেটাসেটে আবার চালানোর জন্য নোটবুকটি সেভ করুন।
বাফার ও সিরিয়াল ডাইলিউশন
Henderson-Hasselbalch অনুপাতের ব্যাখ্যাসহ স্টক সলিউশন থেকে একটি ফসফেট বাফার বানান, তারপর একটি standard curve-এর জন্য দশগুণ dilution series-এর পরিকল্পনা করুন।
PCR ও DNA কোয়ান্টিফিকেশন
একটি PCR master mix ও cycling program-এর পরিকল্পনা করুন, তারপর 260 nm-এ absorbance দিয়ে পিউরিফাই করা প্রোডাক্ট কোয়ান্টিফাই করুন এবং ফলাফল স্টাডিতে সেভ করুন।
Gel Analyzer: লেন, ব্যান্ড ও সাইজ
জেলের ছবিতে লেন ও ব্যান্ড চিহ্নিত করুন, ladder-এর সাপেক্ষে ব্যান্ডের সাইজ নির্ধারণ করুন, ছবিতে সেগুলি যাচাই করুন, এবং ব্যান্ডের ইনটেনসিটি কোয়ান্টিফাই করুন।
Raman স্পেকট্রা
smoothing, baseline correction ও normalization দিয়ে দুটি Raman স্পেকট্রাম পরিষ্কার করুন, peak খুঁজে শনাক্ত করুন, এবং নমুনাগুলির তুলনা করুন।
AFM force map: Young's modulus
দুটি force map-এর প্রতিটি curve-এ Young's modulus fit করুন, বাদ পড়া curve ও fit-গুলি যাচাই করুন, ম্যাপ দুটির তুলনা করুন, স্ট্যাটিস্টিক্সসহ distribution দেখান, এবং সবকিছু স্টাডিতে সেভ করুন।
AFM: লিপিড বাইলেয়ারের breakthrough force
প্রতিটি force curve-এ breakthrough event খুঁজুন, curve-গুলি রিভিউ করুন, এবং breakthrough force ও বাইলেয়ারের পুরুত্ব পড়ুন।
AFM-Raman Mapper
একটি সম্মিলিত AFM ও Raman পরিমাপ খুলুন, Raman ম্যাপে একটি ব্যান্ড খুঁজুন, এবং টপোগ্রাফির কোনো একটি feature-এ স্পেকট্রামটি পড়ুন।
চার্ট থেকে ফিগার, স্লাইড বা পাণ্ডুলিপিতে
একটি সম্পূর্ণ চার্ট এগিয়ে পাঠান: ফিগার, প্রেজেন্টেশন, পোস্টার, পাণ্ডুলিপি বা নোটবুকে, আর যেখানেই যাক সেটি এডিটযোগ্য থাকে।
পাবলিকেশন ফিগার তৈরি করুন
সেভ করা চার্ট ও একটি ছবি মিলিয়ে প্যানেল অক্ষরসহ জার্নালের মাপের একটি মাল্টি-প্যানেল ফিগার বানান, এবং সেটি এডিটযোগ্য রাখুন।
প্রেজেন্টেশন: সাপ্তাহিক ল্যাব-মিটিংয়ের ডেক
একটি স্টাডির নতুন ফলাফল থেকে এক ধাপেই ল্যাব-মিটিংয়ের ডেক বানান, Presentation Builder-এ এডিট করুন, এবং LabTools-এ বা PowerPoint হিসেবে সেভ করুন।
কনফারেন্স পোস্টার
একটি ফিগারকে অংশ, শিরোনাম ও QR কোডসহ A0 কনফারেন্স পোস্টারে রূপান্তর করুন, এবং প্রিন্টের আগে যাচাই করুন।
পাণ্ডুলিপি লেখা
একটি টেমপ্লেট থেকে research article শুরু করুন, ক্যাপশনসহ একটি ফিগার যোগ করুন, রেফারেন্স cite করুন, এবং সহ-লেখকদের সঙ্গে একসঙ্গে লিখুন।
Image Converter
এক ধাপে একগুচ্ছ মাইক্রোস্কোপ ছবি lossless TIFF-এ রূপান্তর করুন, একটি ফোল্ডারে।
প্লাজমিড ম্যাপ ও DNA স্কিম্যাটিক
unique restriction site ও feature সহ একটি প্লাজমিড ম্যাপ আঁকুন, ফিগারের জন্য প্রস্তুত।
Oligonucleotide Builder
একটি primer জোড়ায় dimer ও hairpin আছে কি না যাচাই করুন, তারপর একটি sticky-end oligo assembly সিমুলেট করে তার বেঞ্চ প্রোটোকল নিন।
ল্যাব টিম: LabTools-এ আপনার ল্যাব গ্রুপ
আপনার ল্যাবের জন্য একটি টিম তৈরি করুন, তাকে স্টোরেজ দিন, রোল ও পদবিসহ সদস্য যোগ করুন, এবং দেখুন টিমের শেয়ার করা ফাইল ও স্টাডি কোথায় থাকে।
অন্য ল্যাবের সঙ্গে কোলাবোরেশন শুরু করুন
একটি কোলাবোরেশন তৈরি করুন, রোলসহ অন্য ল্যাবের মানুষদের আমন্ত্রণ জানান, অথবা সরাসরি একটি স্টাডি থেকে শুরু করুন।
কোলাবোরেশনে কাজ: আপডেট, ফাইল ও চ্যাট
একটি কোলাবোরেশনের প্রতিদিনের কাজ: গবেষণার আপডেট পড়ুন ও পোস্ট করুন, তাতে কমেন্ট করুন, ফাইল শেয়ার করুন, এবং কোলাবোরেশন চ্যাটে কথা বলুন।
সহযোগী খুঁজুন
দক্ষতা বা আগ্রহ অনুযায়ী গবেষক ও ল্যাব সার্চ করুন, একটি প্রোফাইল পড়ুন, এবং যোগাযোগ করুন।
মেসেজ ও ফাইল শেয়ারিং
সরাসরি ও টিম কথোপকথন, এবং চ্যাটে ঠিক যে সংস্করণটি বোঝাতে চেয়েছেন সেটিই একটি ফাইল হিসেবে শেয়ার করা, মেয়াদ শেষের তারিখ ও ডাউনলোডের বিকল্পসহ।
কল ও স্ক্রিন শেয়ারিং
একটি কথোপকথন থেকে ভিডিও কল শুরু করুন, একটি ফলাফল বোঝাতে আপনার স্ক্রিন শেয়ার করুন, এবং কল শেষ করুন।
অ্যাকাউন্ট ও সেটিংসের মূল বিষয়
আপনার প্রোফাইল, কতটা স্টোরেজ ব্যবহার করছেন, এবং Help ও Tips সুইচ।
সহায়তা ও গাইড: LabTools-ই আপনাকে দেখিয়ে দেবে
অ্যাপের ভেতরের গাইডগুলি কীভাবে কাজ করে: ? বোতাম (F1) আপনি যে পেজে আছেন তার গাইডগুলির তালিকা দেখায়, আর একটি গাইড আসল কন্ট্রোলগুলির উপর দিয়ে ধাপে ধাপে আপনাকে নিয়ে যায়।
CSV ও Excel ফাইল ইমপোর্ট
CSV, TSV, টেক্সট ও Excel ফাইল ইমপোর্ট করুন: LabTools কী কী চিনতে পারে (কলাম, দশমিক কমাসহ সংখ্যার ফরম্যাট, টেক্সট এনকোডিং) এবং কোনো ফাইল পড়া না গেলে কী স্পষ্ট বার্তা পাবেন।
Independent t-test চালানো
দুটি গ্রুপের তুলনা: আগে normality ও equal variance যাচাই করুন, Student's বা Welch's t-test বেছে নিন, এবং effect size ও তার confidence interval সহ p-value রিপোর্ট করুন।
আগে/পরে স্টাডির জন্য Paired t-test
একই নমুনা থেকে ট্রিটমেন্টের আগে ও পরে নেওয়া paired পরিমাপ অ্যানালিসিস করুন: paired t-test, পার্থক্যগুলি normal না হলে Wilcoxon signed-rank test, এবং effect size।
Pairwise comparison সহ One-way ANOVA
তিন বা তার বেশি গ্রুপের তুলনা করুন one-way ANOVA বা Welch ANOVA দিয়ে, তারপর multiple testing-এর জন্য adjust করা pairwise comparison করুন, এবং ফলাফল প্লটে দেখান।
Descriptive statistics-এর সারাংশ
একটি ডেটাসেটের Statistics window: mean, median, standard deviation, standard error of the mean, confidence interval, skewness, kurtosis, normality test ও outlier, এবং এগুলির মধ্যে কোনগুলি ফিগারে থাকা উচিত।
Dose-response কার্ভ ও IC50
একটি dilution series-এ four-parameter logistic curve fit করুন, confidence interval সহ IC50 বা EC50 এবং Hill slope পড়ুন, এবং fit-টি ফিগারে বসান।
Violin ও Strip প্লট
violin প্লট দিয়ে প্রতিটি গ্রুপের পুরো আকার দেখান, অথবা strip বা swarm প্লট দিয়ে প্রতিটি পরিমাপ, এবং আপনার ডেটার জন্য কোনটি ভালো তা বেছে নিন।
Kaplan-Meier survival কার্ভ
দুই বা তার বেশি গ্রুপের জন্য সময়ের সঙ্গে survival প্লট করুন, censored পর্যবেক্ষণ চিহ্নিত করে, এবং কার্ভগুলির তুলনা করুন।
Differential ফলাফলের জন্য Volcano প্লট
হাজার হাজার জিন বা প্রোটিনের fold change বনাম significance প্লট করুন, cutoff ঠিক করুন, এবং hit-গুলিকে লেবেল দিন।
Bland-Altman: দুটি পদ্ধতির তুলনা
দুটি পরিমাপ পদ্ধতি একমত কি না যাচাই করুন: mean difference (bias) ও limits of agreement, এবং কেন শুধু correlation যথেষ্ট নয়।
ডায়াগনস্টিক টেস্টের জন্য ROC কার্ভ
sensitivity বনাম 1 - specificity প্লট করুন, area under the curve পড়ুন, এবং একটি cutoff বেছে নিন।
PCA ও Clustering
অনেকগুলি মাপা variable-কে তাদের principal component-এ নামিয়ে আনুন, নমুনাগুলি কীভাবে গ্রুপ হয় দেখুন, এবং একই ডেটার clustering-এর সঙ্গে তুলনা করুন।
Time course-এর জন্য লাইন প্লট
error bar বা band সহ কয়েকটি কন্ডিশনের জন্য সময়ের সঙ্গে একটি পরিমাপ প্লট করুন, এবং এক্সপেরিমেন্টগুলির মধ্যে অক্ষগুলি তুলনাযোগ্য রাখুন।
জার্নালের জন্য ফিগার এক্সপোর্ট
জার্নাল যে মাপ চায় (Nature, Cell, Science, PLOS ও আরও) সেই মাপে PNG, SVG বা PDF হিসেবে একটি চার্ট এক্সপোর্ট করুন, এবং যাচাই করুন সবচেয়ে ছোট লেখা ও রেখাগুলি জার্নালের ন্যূনতম মান পূরণ করে কি না।
চার্টের স্টাইল সেভ ও আবার ব্যবহার
প্রতিটি চার্টের জন্য একটি হাউস স্টাইল রাখুন: ফন্ট, রং ও অক্ষ, একবার সেভ করে পরের ফিগারে প্রয়োগ করুন।
কিবোর্ড শর্টকাট ও কাজের টিপস
যেকোনো জায়গায় যেতে Ctrl+K, সেভ করতে Ctrl+S, এবং যে শর্টকাটগুলি চার্ট এডিটিং ও নেভিগেশন দ্রুত করে।
শুরু করুন
নিজে চেষ্টা করে দেখতে প্রস্তুত?
LabTools ডাউনলোড করুন এবং কয়েক মিনিটেই পাবলিকেশন-মানের ফিগার তৈরি শুরু করুন।